Орган податкової служби може відмовити у реєстрації суб’єкта господарювання платником єдиного податку лише у трьох випадках:
1) Невідповідність вимогам ст. 291 Податкового кодексу України (далі - ПКУ) – коли суб’єкт не відповідає критеріям для застосування спрощеної системи. Зокрема обрання видів діяльності, які не дають права працювати на спрощеній системі (наприклад, азартні ігри, обмін валют, торгівля підакцизними товарами тощо), перевищення дозволеного обсягу річного доходу або кількості найманих працівників.
2) Наявність податкового боргу (навіть мінімального) при реорганізації – якщо новостворений суб’єкт (крім перетворення) має непогашені зобов’язання чи борг, що виникли до реорганізації.
3) Недотримання вимог п.п. 298.1.4 ст. 298 ПКУ – порушення правил подання заяви на реєстрацію. Зокрема подання заяви про перехід на спрощену систему пізніше встановленого терміну. Наприклад, новоствореному підприємцю для обрання ІІІ групи заяву треба подати протягом 10 календарних днів з дати реєстрації. У такому разі особа вважається платником єдиного податку з дати її держреєстрації.
У разі відмови орган податкової служби зобов’язаний протягом двох робочих днів надати письмову вмотивовану відмову. Таку відмову суб’єкт господарювання має право оскаржити у встановленому порядку (п. 299.5 ст. 299 ПКУ).
Підстави для відмови у реєстрації платником єдиного податку закріплено п. 299.6 ст. 299 ПКУ.