Фінансування здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28 лютого 2002 року №228 (зі змінами та доповненнями).
Обсяг видатків згідно розпису Державного бюджету України на 2016 рік на утримання територіальних органів Головного управління ДФС у Херсонській області за бюджетною програмою 3507010 „Керівництво та управління у сфері фіскальної політики" складає 81,7 млн. грн.
Станом на 01.10.2016 територіальні органи ГУ ДФС у Херсонській області профінансовані відповідно до затверджених кошторисних призначень на січень-вересень 2016 року у сумі 54,2 млн. грн.